En 1376, Wyclif expose la doctrine de l'« autorité fondée sur la grâce », selon laquelle toute autorité est accordée directement par la grâce de Dieu et perd sa valeur lorsque son détenteur est coupable de péché mortel. Pour lui, la véritable Église est l'Église invisible des chrétiens en état de grâce : Wyclif met en cause le principe de l'autorité de la hiérarchie dans l'Église et préconise la désignation du pape par tirage au sort. Il dénie aux prêtres en état de péché mortel la possibilité de remettre les fautes. Wyclif laisse clairement entendre que l'Église d'Angleterre est pécheresse et coupable de corruption.

Le 19 février 1377, il est convoqué par l'évêque de Londres, Guillaume Courtenay, pour présenter sa doctrine. L'interrogatoire se termine lorsque Jean de Gand, qui avait accompagné Wyclif, se trouve mêlé à une bousculade avec l'évêque et son entourage. Le 22 mai 1377, le pape Grégoire XI publie plusieurs bulles accusant Wyclif d'hérésie. À l'automne de la même année, le Parlement lui demande son avis sur le caractère légal de l'interdiction faite à l'Église d'Angleterre de transférer ses biens à l'étranger sur l'ordre du pape. Wyclif confirme la légalité d'une telle interdiction, et au début de 1378 il est de nouveau convoqué par l'évêque Courtenay et par l'archevêque de Canterbury, Simon de Sudbury. Wyclif reçoit un simple blâme grâce à ses rapports privilégiés avec la cour.

Pendant l'année 1378, Wyclif et ses amis d'Oxford entreprennent la traduction en anglais de la Vulgate, bravant par là l'interdit l'Église. En 1379, Wyclif répudie la doctrine de la transsubstantiation. Cette prise de position audacieuse suscite une telle réprobation que Jean de Gand lui retire son soutien. Wyclif envoie à partir de 1380 ses disciples, appelés les pauvres prêcheurs, dans les campagnes pour qu'ils fassent connaître ses thèses religieuses égalitaristes. Les prêcheurs trouvent une large audience et on accuse Wyclif de semer le désordre social. Cependant, il ne s'engage pas directement dans la révolte avortée des paysans en 1381, mais il est probable que ses doctrines influencèrent les paysans. En mai 1382, Courtenay, devenu archevêque de Canterbury, rassemble un tribunal ecclésiastique qui condamne Wyclif comme hérétique et prononce son expulsion d'Oxford. Wyclif se retire alors dans sa paroisse de Lutterworth.

Le duc de Lancastre, la population londonienne et pendant un certain temps les ordres mendiants soutiennent ses idées qui sont propagées en Angleterre par des prédicateurs itinérants appelés « pauvres prêtres » ou lollards. Cependant ses attaques contre la papauté lui valent la condamnation de Rome et en 1384 il meurt dans l'isolement.