Sa doctrine
Il se trouve bientôt à la tête d'un mouvement national de réforme et prend la défense des écrits de l'anglais Wyclif condamné par une bulle pontificale. Il est excommunié en 1411 et, comme si une fois ne suffisait pas, à nouveau en 1412. Le conflit avec Rome s'exacerbe avec la critique de la vente des indulgences. Hus en appelle au jugement du Christ, instance inconnue du droit canonique. Il compose en latin ou en tchèque Questio de indulgentiis, Explication de la foi (1412), De Ecclesia et Explication des Saints Évangiles (1413).

Sa fin
Dans cette Bohême de 1414, déchirée par les luttes intestines, menacée d'une croisade, Jan Hus est frappé d'excommunication alors que les œuvres de Wyclif sont brûlées, et quoique finalement plus modéré que l'anglais, il est chassé de la ville. Alors, il va continuer, dans les campagnes, sa prédication évangélique elle entraînera un soulèvement populaire.

Hus est persuadé, que seul un Concile, qui forcément reconnaitrait la justesse de ses thèses pourrait mettre fin à cette situation tragique.

Vint le concile de Constance, dont le pape Jean XXIII a signé la convocation. Hus s'y rend, muni d'un sauf-conduit signé du nouvel Empereur Sigismond afin d'y défendre ses thèses.

Là, sont accourus, en grand apparat, les représentants des grandes nations catholiques, tous les prélats et les princes que compte la Chrétienneté, y compris des orthodoxes, des lithuaniens, des coptes. Le premier but du Concile de Constance, réuni sous la pression de Sigismond, n'est pas de le juger, mais de mettre fin à ce scandale que représente le schisme d'Occident. Trois soit-disant « papes » se disputent la tiare, « Jean XXIII », « Grégoire XII » et « Benoît XIII ». Le Concile, qui reconnaît au début « Jean XXIII » finira par le déposer, comme il condamnera « Benoît XIII », tandis que « Grégoire XII » démissionnait volontairement. Alors il élira Martin V.

Au premier rang des censeurs de Jan Hus, outre le cardinal d'Ailly, de Cambrai, et son disciple Jean Gerson, chancelier de l'Université de Paris, se trouvent les grands inquisiteurs, secondés par les plus brillants des canonistes romains. Les juges procèdent à des interrogatoires 'ex-cathedra', Hus n'a que trop rarement la parole, malgré tout il arrive à désarçonner ses accusateurs. Peu à peu, les débats quoique fort confus, tournent à l'avantage du réformateur. Voyant cela, le pape s'empresse de fuir, non sans ordonner que Jan Hus soit arrêté et jeté en prison pour « avoir nié l'autorité de l'Eglise ». Il fuit, en pleine nuit, car tout autour, le peuple gronde. Au cachot, après des semaines d'interrogatoires incessants, il ne faiblit pas et parle comme le feront plus tard les premiers protestants : « Dieu et ma conscience sont mes seuls témoins, jamais je n'ai prêché ni enseigné les choses que les témoins invoquent contre moi ». Condamné comme hérétique à être brûlé vif, il s'écriera : « Seigneur Jésus-Christ, pardonne à tous mes ennemis ». La censure passera au crible, ses ultimes lettres, écrites de sa cellule, à ses amis de Prague : « Mes très chers amis, c'est la fin maintenant. Je demande à tous de persévérer dans la vérité de Dieu »: elle ne peut rien y redire...